Une cellule gestionnaire est placée auprès du secrétaire général du Comité national de pilotage. Elle est chargée d'assurer le secrétariat du Comité national de pilotage et du groupe permanent, de collecter et d'exploiter l'ensemble de l'information relative aux actions de dépistage conduites au niveau départemental en vue de l'évaluation globale du programme ; elle a également un rôle de consultant à l'égard des acteurs départementaux.