Par arrêté de la ministre de l'économie, de l'industrie et de l'emploi et du ministre du budget, des comptes publics et de la réforme de l'Etat en date du 13 avril 2010, la mission « santé » du service du contrôle général économique et financier est chargée de la mission d'audit des activités des agences régionales de santé prévue à l'article R. 1432-65 du code de la santé publique.