Le service du commissariat de l'air est dirigé par un directeur central, officier général du corps des commissaires de l'air.

Le directeur central du commissariat de l'air est directement responsable de l'administration du service du commissariat de l'air devant le ministre de la défense. Il est placé sous l'autorité du chef d'état-major de l'armée de l'air.

Il est assisté d'un directeur adjoint, officier du corps des commissaires de l'air, qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement.