Les effluents recueillis sur le site appartiennent à l'une des trois catégories suivantes :
- les eaux pluviales non souillées ;
- les eaux souillées et les eaux ayant été en contact avec les chairs, cadavres, débris ou issues d'origine animales ou avec des surfaces souillées par ces matières ;
- les autres eaux (par exemple, eaux de lavage y compris eaux de lavage des gaz le cas échéant, eaux de purge, eaux vannes...).

Les différents effluents sont traités de la façon suivante :
- les eaux pluviales non souillées sont rejetées dans le milieu naturel ou dans le réseau pluvial desservant l'installation, s'il existe ;
- les eaux ayant été en contact avec des chairs, cadavres, débris ou issues d'origine animale ou avec des surfaces susceptibles d'être souillées par ces matières doivent être traitées conformément aux dispositions de l'article 27 ;
- les autres eaux devront être épurées lorsqu'un traitement est nécessaire au respect des valeurs limites imposées au rejet et définies à l'annexe I.