Les informations prévues à l'article 2 du présent arrêté sont collectées par les établissements puis adressées à la direction de l'évaluation et de la prospective ; celle-ci est chargée de la mise en oeuvre du traitement S.I.S.E. en collaboration avec la direction générale des enseignements supérieurs, la direction générale de l'administration, des ressources humaines et des affaires financières ; ces données sont ensuite intégrées dans la base centrale de pilotage de l'administration centrale.
Les établissements privés d'enseignement supérieur peuvent bénéficier du système S.I.S.E. après accord passé avec le recteur d'académie.