Lorsque la demande d'exemption défense s'inscrit dans le cadre d'une urgence opérationnelle et que l'examen par le ministre de la défense du dossier administratif et du sous-dossier « conditions et intérêt de l'utilisation du biocide pour la défense nationale » a conclu à la nécessité d'octroyer une exemption défense pour préserver les intérêts de la défense nationale, la décision du ministre prend la forme d'un arrêté.
En cas de rejet, le ministre notifie sa décision au demandeur sous réserve du respect du secret de la défense nationale. Cet arrêté n'est pas publié.
Dans le cas d'un octroi comme d'un rejet d'une demande d'exemption en urgence opérationnelle, une copie de l'arrêté est adressée au ministre chargé de l'environnement et à l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail sous réserve du respect du secret de la défense nationale.