La mission de l'analyse stratégique, de la prospective, de la recherche et de l'appui scientifique développe une fonction d'analyse stratégique en se fondant sur une approche prospective des enjeux de santé publique et des risques sanitaires.
Elle apporte un appui scientifique aux bureaux de la direction en ce qui concerne l'expertise et assure, à cet effet, une veille scientifique.
Elle contribue à l'amélioration des données de santé nécessaires à l'élaboration et à l'évaluation des politiques.
Elle coordonne l'élaboration de la politique de recherche de la direction générale de la santé et assure l'interface avec la direction de la recherche, des études et de l'évaluation en santé du ministère de la santé, avec le ministère chargé de la recherche ainsi que les divers organismes concernés. A ce titre, elle assure notamment la tutelle de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale.
Elle éclaire, par ses travaux, les politiques de prévention et de gestion des risques.
Elle assure le secrétariat général du Haut Conseil de la santé publique.