La décision d'enquête est exécutée conformément aux formalités et procédures expressément indiquées par l'autorité d'émission, sauf si la loi en dispose autrement et sous réserve, à peine de nullité, que ces règles ne réduisent pas les droits des parties et les garanties procédurales appliquant les principes fondamentaux prévus par les dispositions du titre préliminaire du présent code.

La décision d'enquête est exécutée dans les meilleurs délais et au plus tard dans les quatre-vingt-dix jours suivant la date de la décision prévue par l'article L. 6123-20.
Si des circonstances particulières justifient une prolongation de ce délai, l'autorité d'émission en est immédiatement informée, ainsi que des raisons qui la motivent et de la date prévisible d'exécution de la décision d'enquête.
Le magistrat saisi peut décider de reporter l'exécution de la décision d'enquête si elle risque de nuire à une enquête ou à des poursuites en cours ou si les objets, documents ou données concernés sont déjà utilisés dans le cadre d'une autre procédure. La décision d'enquête est mise à exécution sans délai dès lors que les raisons ayant justifié le report ont cessé. L'autorité d'émission en est immédiatement informée.

Lorsque la mesure d'enquête demandée n'est pas prévue par le présent code ou qu'elle ne pourrait être exécutée dans le cadre d'une procédure nationale similaire, le magistrat saisi a recours, chaque fois que cela s'avère possible, à toute autre mesure d'investigation permettant d'obtenir les éléments demandés par l'autorité d'émission.
Toutefois, sous réserve des dispositions des articles L. 6123-21 et L. 6123-24, il doit toujours faire droit aux demandes prévues à l'article L. 6123-23.
Le magistrat saisi peut également ordonner une autre mesure d'enquête que celle demandée si elle permet d'obtenir le même résultat de façon moins intrusive.
Il informe sans délai l'autorité d'émission des décisions prises en application du présent article, y compris lorsqu'aucune mesure ne peut être substituée à la mesure demandée.

Le magistrat saisi ne peut refuser l'assistance des autorités de l'Etat d'émission à l'exécution de la décision d'enquête sur le territoire national que si elle apparaît de nature à réduire les droits des parties et les garanties procédurales appliquant les principes fondamentaux prévus à l'article préliminaire ou de nature à nuire aux intérêts fondamentaux de la Nation.

Si, en cours d'exécution de la décision d'enquête, le magistrat saisi juge opportun de diligenter des mesures d'enquête non prévues initialement ou qui n'avaient pas pu être spécifiées au moment de l'émission de la décision d'enquête européenne, il en informe sans délai l'autorité d'émission afin qu'elle puisse le cas échéant demander de nouvelles mesures.

Lorsque des mesures exécutées sur le territoire national en application d'une décision d'enquête européenne auraient pu, si elles avaient été exécutées dans le cadre d'une procédure nationale, faire l'objet d'une contestation, d'une demande de nullité ou de toute autre forme de recours en application des dispositions du présent code, ces recours peuvent, dans les mêmes conditions et selon les mêmes modalités, être formés contre ces mesures par les personnes intéressées.
Ces personnes sont informées de leur possibilité d'exercer ces recours lorsque cette information est prévue par les dispositions du présent code.
Ces recours ne suspendent pas l'exécution de la mesure d'enquête, sauf si cette suspension est prévue par les dispositions du présent code.
Ne peuvent être invoqués à l'appui de ces recours les motifs de fond à l'origine de la décision d'enquête européenne, qui ne peuvent être contestés que par une action intentée dans l'Etat d'émission.
Le non-respect des délais d'exécution de la demande d'enquête européenne ne peut constituer une cause de nullité des actes accomplis.

Les procès-verbaux, objets saisis et tous autres éléments de preuve recueillis en exécution de la décision d'enquête sont remis dans les meilleurs délais à l'autorité d'émission.
Le magistrat saisi peut toutefois ordonner :
1° La suspension de cette remise dans l'attente d'une décision relative au recours formé contre un acte d'exécution de la décision d'enquête, sauf si cette dernière fait état de motifs suffisants pour considérer qu'une remise immédiate est indispensable au bon déroulement de l'enquête ou à la préservation de droits individuels ; cette suspension s'applique automatiquement si la remise est de nature à causer un préjudice grave et irréversible à la personne concernée ;
2° Leur remise temporaire à l'autorité d'émission, à charge pour elle de les restituer dès qu'ils ne lui sont plus nécessaires, notamment lorsqu'ils sont utiles à une procédure en cours en France.