Les ressources du Centre national de gestion comprennent des subventions, avances, fonds de concours et dotation de l'Etat ainsi qu'une dotation des régimes obligatoires d'assurance maladie composée de deux parts, l'une au titre de la contribution de l'assurance maladie au fonctionnement du centre et l'autre au titre du financement des contrats d'engagement de service public. Le montant de la dotation est fixé chaque année par arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale. La participation des organismes d'assurance maladie est versée et répartie entre les régimes dans des conditions fixées par décret.