Voies navigables de France est administré par un conseil d'administration, qui comprend :
1° Des représentants de l'Etat ;
2° Des personnalités qualifiées dans les domaines de la navigation intérieure, des transports, de l'énergie hydraulique, de la protection des milieux aquatiques et de l'aménagement du territoire ;
3° Des représentants du personnel de l'établissement.