Le contrôle de légalité et le contrôle budgétaire des actes du Syndicat des transports d'Ile-de-France sont exercés par le représentant de l'Etat dans la région Ile-de-France.
Le syndicat est soumis à la première partie du livre II du code des juridictions financières.
Le comptable du syndicat est un comptable public nommé par l'autorité administrative compétente de l'Etat.