Réseau ferré de France est soumis en matière de gestion financière et comptable aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales. Il tient sa comptabilité conformément au plan comptable général.

La gestion des filiales créées par Réseau ferré de France est autonome au plan financier dans le cadre des objectifs du groupe.
Elles ne peuvent recevoir les concours financiers de l'Etat mentionnés à l'article L. 2111-24.

Les règles de gestion financière et comptable applicables à Réseau ferré de France sont fixées par voie réglementaire.