Les décisions des présidents des universités et des présidents ou directeurs des autres établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel ainsi que les délibérations des conseils entrent en vigueur, sous réserve des dispositions des troisièmes alinéas des articles 42 et 48, sans approbation préalable. Toutefois, les décisions et délibérations qui présentent un caractère réglementaire n'entrent en vigueur qu'après leur transmission au chancelier.
Le chancelier peut saisir le tribunal administratif d'une demande tendant à l'annulation des décisions ou délibérations des autorités de ces établissements qui lui paraissent entachées d'illégalité. Le tribunal statue d'urgence. Au cas où l'exécution de la mesure attaquée serait de nature à porter gravement atteinte au fonctionnement de l'établissement, le chancelier peut en suspendre l'application pour un délai de trois mois.

En cas de difficulté grave dans le fonctionnement des organes statutaires ou de défaut d'exercice de leurs responsabilités, le ministre de l'éducation nationale peut prendre, à titre exceptionnel, toutes dispositions imposées par les circonstances ; il consulte le conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche ou, en cas d'urgence, l'informe dès que possible. Dans ces mêmes cas, le recteur a qualité pour prendre, à titre provisoire, les mesures conservatoires nécessaires après avoir consulté le président ou le directeur.

Les établissements sont soumis au contrôle administratif de l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale. Le contrôle financier s'exerce a posteriori ; les établissements sont soumis aux vérifications de l'inspection générale des finances ; leurs comptes sont soumis au contrôle juridictionnel de la Cour des comptes.
L'agent comptable exerce des fonctions conformément aux règles de la comptabilité publique et dans les conditions fixées par le décret en Conseil d'Etat prévu à l'article 42.
Ce même décret précise les cas et les conditions dans lesquels les budgets des établissements sont soumis à approbation ainsi que les mesures exceptionnelles prises en déséquilibre.