Cours d'eau inscrit à un plan « migrateurs »
Bassin de la Loire

Allier et ses affluents :
Sioule en aval de Queuille ;
Dore en aval du Pont-d'Ambert ;
Alagnon.
Loire en aval de sa confluence avec l'Arroux.
Arroux et ses affluents (Ternin, Mechet et Celle).
Gartempe et ses affluents (Anglin, Semme et Couze en aval de la retenue de Saint-Pardoux).
Vienne en aval de Chardes.
Creuse en aval de l'ouvrage de La Roche-Bat-l'Aigle.
Cher à l'aval de la confluence de la Queugne.
Cours d'eau du bassin de la Maine.

Cours d'eau bretons

Couesnon.
Loisance.
Trieux et son affluent le Leff en aval de Châtelaudren.
Léguer.
Elorn et ses affluents : Quillivaron et Stain.
Odet et ses affluents : Jet et Steir.
Pont-l'Abbé et ses affluents.
Cours d'eau côtiers du Finistère : Queffleuth, Douron, Aber Wrach, Aber Benoît, Goyen, Aven, Mignonne, Camfrout.
Blavet en aval de la confluence de La Sarre et son affluent La Sarre.
Cours d'eau côtier du Morbihan : Liziec, Kergroix et Saint-Eloi.
Oust et son affluent l'Arz.
Tous les cours d'eau des bassins de l'Aulne, du Scorff et de la Rance et de la Vilaine.

Sous-bassins côtiers vendéens

Sèvre niortaise et ses affluents en aval du deuxième pont amont de la RN 11 à Niort.