Références
GT DCE Réunion « Benthos de substrats durs » (2023). Fascicule technique pour la mise en œuvre du suivi « Benthos de substrats durs » du réseau de contrôle de surveillance DCE à La Réunion. Ref. R.RBE/DOI/2023-005, 43 p.
https://archimer.ifremer.fr/doc/00167/27806/
Hill J. et Wilkinson C., 2004. Methods for Ecological Monitoring of Coral Reefs. Version 1. Livre 123 p.

3.1.13. Benthos Récifal (eaux côtières - Antilles)

Protocole d'échantillonnage
Echantillonnage en plongée sur 6 transects pérennes de 10 m avec relevés de type « point intercept » (PIT). Identification de la nature du substrat et les taxons présents en un point sous le transect tous les 20 cm.
Méthode d'analyse
Echantillonnage de la composition et de l'abondance relative des peuplements coralliens et des autres organismes benthiques susceptibles d'être en compétition avec les coraux (algues et invertébrés sessiles). Reconnaissance au niveau du genre pour les macroalgues et les coraux (voire à l'espèce quand c'est possible). Les résultats permettent de calculer les indices « corail » et « macroalgues ». L'indice « corail » est le rapport « couverture corallienne vivante/substrat colonisable par les coraux ». Le substrat colonisable correspond au substrat rocheux et au corail mort récemment (RKC). Le substrat colonisable ne comprend pas le sable, la vase et les débris. L'indice « macroalgues » est le rapport « couverture en macroalgues/substrat total).
Références
Bouchon, C., Bouchon-Navaro, Y., Louis, M., 2004. Critère d'évaluation de la dégradation des communautés coralliennes dans la région Caraïbe. Revue d'Ecologie (la Terre et la Vie), 59 (1-2) : 113-121.
Impact Mer, Pareto, Equilibre, 2010. Directive Cadre sur l'eau : Suivi des stations des réseaux de référence et de surveillance des masses d'eau côtières et de transition au titre de l'année 2009. - Volet Biologie. Rapport de synthèse : Réseau de surveillance. Rapport pour : DIREN Martinique, 166 (annexes inclues) pp. 3.
Allenou Jean-Pierre, SECHAUD Amélie (Ifremer-RBE-BIODIENV), 2021. Règles de traitement pour les évaluations DCE Communautés benthiques coralliennes pour les Antilles. Période 2014-2019.

3.1.14. Poissons (eaux de transition - façade Manche Atlantique)

Protocole d'échantillonnage
Echantillonnage au chalut à perche, de taille adaptée à celle de l'estuaire :

- pour les grands estuaires (par exemple Gironde, Loire, Seine) : grand chalut à perche classique de 3 mètres ;
- pour les estuaires de taille moyenne ou réduite, ou encore avec des fonds irréguliers (par exemple Adour, Charente) : petit chalut à perche de 1,5 mètre.

Le secteur d'étude est situé dans la partie tidale des estuaires. La répartition des zones d'échantillonnage dans l'estuaire devra être représentative de ceux-ci.
Pour les estuaires présentant 3 zones halines : à l'intérieur de chaque MET, répartition des traits de chalut à perche, au sein de la zone la plus aval, de la zone médiane et de la zone plus amont, de manière à échantillonner les trois secteurs de salinité différente de manière homogène, avec un minimum de 8 traits au sein de chaque zone haline.
Pour les estuaires ne présentant pas les 3 zones halines : échantillonnage selon une répartition géographique de ses zones halines, en intégrant la majeure partie de ses habitats essentiels.
Pour les masses d'eau ne présentant qu'une seule zone haline, un minimum de 12 traits sera effectué.

- un trait de chalut par station (soit autant de stations que de traits de chalut) ;
- en cas de difficulté à trouver suffisamment de stations propices au chalutage, plusieurs traits pourront éventuellement être réalisés sur la même station (dans la limite maximale de 3 traits en évitant de faire deux traits sur une même station le même jour) ;
- deux traits de chalut sont considérés sur la même station si la distance entre les deux traits est inférieure à 100 m, qu'ils soient dans la même zone haline et que les conditions hydromorphologiques soient semblables.

Des variables environnementales sont aussi relevées (température, salinité, conductivité, oxygène dissous au fond). Une norme AFNOR décrivant l'échantillonnage des poissons en estuaire à l'aide de chalut à perche est disponible.
Méthode d'analyse
Les captures de chaque trait de chalut sont traitées autant que possible à bord : identifications, mesures, pesées. Pour les très petits individus et les juvéniles, une conservation en vue d'un examen au laboratoire peut être nécessaire (glace ou possibilités de réfrigération, si besoin éviter le formol et préférer l'alcool).

- identification jusqu'à l'espèce ;
- mesures à la fourche (et au mm) pour les espèces ayant une fourche et longueur totale pour les autres espèces. En cas d'effectif supérieur à 30 individus, pour une espèce dans un trait, seul un échantillon (30 poissons pris au hasard) représentatif des tailles de l'ensemble du trait, est mesuré ; les individus surnuméraires étant uniquement comptés pour obtenir l'effectif global. En cas de très gros échantillon, un sous-échantillonnage est réalisé pour estimer l'effectif total de l'échantillon ;
- le poids total par espèce et par trait est noté. Pour les individus de plus de 50 g, le poids individuel est aussi relevé. En cas de traitement au laboratoire les poids individuels inférieurs à 50 g sont aussi notés.

Références
Lepage M, Girardin M., Bouju V., 2009. Inventaire Poisson dans les eaux de transition. Protocole d'échantillonnage pour les districts de la façade Atlantique et Manche. Version 3 du 06/04/2009. CEMAGREF, 29 p.
Norme NF T 90-71 Juillet 2021 : Qualité de l'eau - Echantillonnage au chalut à perche des communautés de poissons dans les estuaires.
Note : Faute de méthode, le protocole n'est pas mis en œuvre sur les eaux de transition méditerranéennes.

3.1.15. Poissons (eaux de transition - Guyane)

Protocole d'échantillonnage
Echantillonnage au chalut à perche :
La répartition des zones d'échantillonnage dans l'estuaire sera représentative de celui-ci. On s'attachera à répartir les traits de chalut à perche entre la zone la plus aval, une zone médiane et une zone plus amont, à l'intérieur de chaque masse d'eau de transition, de manière à obtenir une bonne distribution géographique des traits et à couvrir, le cas échéant, tous les secteurs de salinité présents soit les secteurs polyhalin, mésohalin et oligohalin.
Même si la masse d'eau de transition ne couvre pas les 3 zones de salinité évoquées ci-dessus, on s'attachera à l'échantillonner selon une répartition couvrant l'essentiel de sa superficie et de ses zones halines, ainsi que la majeure partie de ses habitats échantillonnables.
Le choix des stations est laissé à l'appréciation de l'équipe d'échantillonnage, tout en respectant les impératifs suivants :

- un trait de chalut par station (soit autant de stations que de traits de chalut) ;
- en cas de difficulté à trouver suffisamment de stations propices au chalutage, plusieurs traits pourront éventuellement être réalisés sur la même station (dans la limite maximale de 3 traits en évitant de faire deux traits sur une même station le même jour) ;
- deux traits de chalut sont considérés sur la même station si la distance entre les deux traits est inférieure à 100 m, qu'ils soient dans la même zone haline et que les conditions hydro morphologiques soient semblables ;
- les stations devront être réparties sur toutes les zones halines de l'estuaire (généralement 3 zones : poly-, méso- et oligohaline), de façon à obtenir au minimum 10 traits valides par zone haline ;
- dans le cas où une seule zone haline serait présente sur un estuaire, 15 traits de chalut répartis sur l'ensemble de la masse d'eau seront nécessaires pour la caractériser ;
- pour chaque zone haline, l'ensemble de la gamme des profondeurs sera échantillonné sans dépasser une profondeur de 15 mètres qui est considérée comme profondeur limite pour une bonne efficacité de l'engin de pêche.

Données complémentaires
Avant chaque trait :

- un relevé des paramètres physico-chimiques de l'eau sera effectué à proximité du fond, à savoir : température, salinité, conductivité, oxygène dissous.

Avant et pendant chaque trait :

- la salinité sera mesurée au fond (vérification de la zone - haline) ;
- les coordonnées de début et fin de chaque trait (fin de filage et début de virage) seront relevées au GPS, selon le référentiel WGS 84 (en degrés minutes et millièmes de minutes) ainsi que l'heure locale de départ et de fin du trait, le coefficient de marée et la vitesse moyenne de chalutage ;
- la profondeur moyenne sera aussi relevée.

La norme AFNOR NF T90-701 sur l'échantillonnage au chalut à perche des communautés de poissons dans les estuaires, et appliquée à tous les estuaires de la façade Manche Atlantique est disponible.
Méthode d'analyse
Les captures de chaque trait de chalut sont traitées autant que possible à bord : identifications, mesures, pesées. Pour les très petits individus et les juvéniles, une conservation en vue d'un examen au laboratoire peut être nécessaire (glace ou possibilités de réfrigération, si besoin éviter le formol et préférer l'alcool).
Identification jusqu'à l'espèce.
Mesures à la fourche (et au mm) pour les espèces ayant une fourche et longueur totale pour les autres espèces. En cas d'effectif supérieur à 30 individus, pour une espèce dans un trait, seul un échantillon (30 poissons pris au hasard) représentatif des tailles de l'ensemble du trait, est mesuré ; les individus surnuméraires étant uniquement comptés pour obtenir l'effectif global. En cas de très gros échantillon, un sous-échantillonnage est réalisé pour estimer l'effectif total de l'échantillon.
Le poids total par espèce et par trait est noté. Pour les individus de plus de 50 g, le poids individuel est aussi relevé. En cas de traitement au laboratoire les poids individuels inférieurs à 50 g sont aussi notés.
La Procédure Qualité EPBX_801_3 décrit les opérations de pêche et de traitement des captures sur laquelle est basée la méthode d'échantillonnage des poissons appliquée pour les estuaires de Guyane.
Références
Lepage, M., Girardin, M., & Bouju, V. (2008). Inventaire Poisson dans les eaux de transition. Mise à jour du protocole d'échantillonnage de la façade Atlantique et Manche. Procédure EPBX_801_3. Cemagref - groupement de Bordeaux.
Norme AFNOR : NF T90-71 Juillet 2021 - Qualité de l'eau - Echantillonnage au chalut à perche des communautés de poissons dans les estuaires.

3.2. Eléments physico-chimiques et chimiques
3.2.1. Température, salinité, transparence, oxygène dissous

Protocole d'échantillonnage
Les paramètres mesurés, de préférence in situ, en sub-surface (0-1 m) sont la température, la salinité, la turbidité. Les paramètres mesurés au fond de la colonne d'eau sont l'oxygène, la température et la salinité. Lorsque le matériel le permet, il est souhaitable d'effectuer un profil de ces trois paramètres sur l'ensemble de la colonne d'eau.
Pour les eaux de La Réunion et de Mayotte, les périodes et les fréquences ainsi que les horaires et les niveaux sont adaptés. L'ensemble est décrit dans le fascicule cité en référence.
Pour les eaux côtières de Méditerranée, l'oxygène dissous n'est pas mesuré (saturation). De même, la température n'est pas mesurée en l'absence de grille d'interprétation.
La turbidité est un paramètre qui peut être difficile à mesurer, notamment en contexte estuarien. Pour une même concentration en matières en suspension (g/L), différents capteurs peuvent donner des valeurs de turbidité distinctes (plafonds en NTU différents). Afin de pouvoir comparer les résultats, il convient d'indiquer la valeur de turbidité en NTU et la concentration en matière en suspension en mg/L associée.
Méthode d'analyse
Les mesures de température, salinité, turbidité et de l'oxygène sont effectuées in situ à l'aide de sondes (Daniel, 2009). Les mesures de salinité et de turbidité peuvent être toutefois effectuées sur échantillon au laboratoire dans des délais acceptables (Aminot et Kérouel, 2004).
Les sondes doivent faire l'objet d'opérations rigoureuses de métrologie (contrôle, vérification, étalonnage). Les capteurs de turbidité doivent être conformes aux spécifications de la norme NF EN ISO 7027-1 Août 2016 : Qualité de l'eau - Détermination de la turbidité - Partie 1 : méthodes quantitatives.
Pour les eaux de La Réunion et de Mayotte, la turbidité étant faible, la mesure est préconisée sur turbidimètre de paillasse et non in situ.
Références
Aminot A. et Kérouel R., 2004. Hydrologie des écosystèmes marins - Paramètres et analyses. Ed. Ifremer, 336 p.
Daniel A. (2009). Techniques de prélèvement hydrologique en milieu marin.
( https://prelevements-hydro.ifremer.fr/presentation.html).
GTs DCE La Réunion et Mayotte « Physico-Chimie et Phytoplancton » (2020). Fascicule technique pour la mise en œuvre des suivis « Paramètres Physico-Chimiques & Phytoplancton » des réseaux de contrôle de surveillance DCE dans l'océan Indien. Réf. R.RBE/DOI/2020-010.
https://archimer.ifremer.fr/doc/00168/27915/

3.2.2. Nutriments

Protocole d'échantillonnage
Localisation du prélèvement : le prélèvement est effectué en sub-surface (0-1 m) et :

- pour les eaux côtières de Manche et d'Atlantique, de préférence en dehors de la zone estran, à pleine mer plus ou moins deux heures ;
- pour les eaux côtières de Méditerranée, les mesures ne sont pas réalisées (mer à caractère oligotrophe) ;
- pour les lagunes méditerranéennes, de préférence dans la matinée ou en milieu de journée et hors période de vent ;
- pour les eaux côtières de Guadeloupe, de préférence dans la matinée ;
- pour les eaux de La Réunion et de Mayotte, les périodes et les fréquences ainsi que les horaires et les niveaux sont adaptés. L'ensemble est décrit dans le fascicule cité en référence ;
- pour les eaux de transition estuariennes, au centre du fleuve, à pleine mer plus ou moins deux heures.

Mode de prélèvement et de conservation : eau brute prélevée à l'aide d'une bouteille de prélèvement de type Niskin (Daniel, 2009).
Méthode d'analyse
Les nutriments inorganiques dissous (ammonium, nitrate, nitrite, orthophosphate, orthosilicate) et les nutriments dissous totaux (azote total dissous et phosphore total dissous) sont dosés de préférence en flux continu selon les méthodes décrites par Aminot et Kérouel (2007) ou de façon « manuelle » selon les méthodes décrites par Aminot et Kérouel (2004). Ces méthodes ont fait l'objet de fiches méthodes AQUAREF ( http://www.aquaref.fr).

- pour les eaux littorales des Antilles, les nutriments inorganiques dissous (ammonium, nitrate, nitrite, orthophosphates) sont dosés.

Références
Aminot A. et Kérouel R. (2004). Hydrologie des écosystèmes marins - Paramètres et analyses. Ed. Ifremer, 336 p.
Aminot A. et Kérouel R. (2007). Dosage automatique des nutriments dans les eaux marines : méthodes en flux continu. Ed. Ifremer, 188 p.
Daniel A. (2009). Techniques de prélèvement hydrologique en milieu marin.
( https://prelevements-hydro.ifremer.fr/presentation.html).
GTs DCE La Réunion et Mayotte « Physico-Chimie et Phytoplancton » (2020). Fascicule technique pour la mise en œuvre des suivis « Paramètres Physico-Chimiques & Phytoplancton » des réseaux de contrôle de surveillance DCE dans l'océan Indien. Réf. R.RBE/DOI/2020-010.
https://archimer.ifremer.fr/doc/00168/27915/

3.2.3. Eléments chimiques dans les eaux littorales

En ce qui concerne le suivi sur matrice mollusques et sédiments, il convient de se conformer à la version la plus récente du guide Aquaref relatif à l'échantillonnage en milieu marin pour les paramètres chimiques disponible sur le site Aquaref.
En ce qui concerne le suivi par échantillonneurs intégratifs passifs, il convient de se référer à la dernière version du document Aquaref relatif aux échantillonneurs passifs disponible sur le site Aquaref (recommandations techniques portant sur les opérations d'échantillonnage par échantillonneurs intégratifs passifs en cours d'eau et eau littorale dans le cadre des programmes de surveillance DCE) et à la note ministérielle relative à la surveillance par Echantillonneurs Intégratifs Passifs (EIP) qui y est rattachée.
Il convient de souligner que d'autres documents de méthodes sont aussi disponibles pour les DGT. Ces derniers ont été élaborés dans le cadre du projet européen Monitool :

- guide des bonnes pratiques pour l'utilisation des DGTs. Echantillonnage des métaux dans les eaux de transition et côtières par la technique du Gradient de diffusion en couche mince (DGT). Projet MONITOOL Ce guide préconise le déploiement d'un triplicat DGT ;
- des tutoriels sont également accessibles sur le site CCEM en complément des formations aux échantillonneurs passifs et aux documents méthodologiques existants : Echantillonneurs passifs - Contamination chimique des écosystèmes marins.

Note. - Pour les eaux de La Réunion et de Mayotte, les suivis sur la matrice « eau » sont réalisés via la technique des échantillonneurs passifs. A La Réunion, des suivis sont également réalisés sur le « biote » et pour Mayotte ce sont des suivis « sédiments ».