Dès qu'il apparaît que le diagnostic ne peut être réalisé dans les délais, l'opérateur en informe le préfet de région. Il indique si des vestiges ont été découverts et en fournit une première caractérisation.

Si le diagnostic inachevé a établi la présence de vestiges archéologiques ou que leur découverte est faite pendant les travaux d'aménagement, ils sont soumis aux dispositions des articles L. 531-14 à L. 531-16. Toutefois, pour leur conservation ou leur sauvegarde, le préfet de région peut édicter une des prescriptions postérieures au diagnostic prévues à l'article R. 523-15.