Pour l'exécution de l'état prévisionnel des recettes et des dépenses de l'office, les décisions portant affectation de crédits pour les interventions à effectuer ou fixant les règles de ces interventions sont préparées par le directeur de l'office.

Le conseil de direction et les conseils spécialisés délibèrent sur les projets de décision mentionnés à l'alinéa précédent. Celles-ci sont arrêtées par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture. Si l'un des représentants de ces ministres au conseil de direction ou à l'un des conseils spécialisés le demande, la décision est arrêtée conjointement par le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture, le ministre chargé de l'économie et le ministre chargé du budget.

Lorsqu'un projet ayant fait l'objet d'un avis favorable d'un conseil n'a pas donné lieu à une décision dans un délai de quinze jours, il en est rendu compte à la prochaine séance de ce conseil.