Le personnel de direction est placé sous l'autorité du directeur général. Il comprend les fonctionnaires occupant les emplois suivants :

- directeur général adjoint ;

- inspecteur général ;

- sous-directeur.

Le directeur général de l'Office national interprofessionnel des grandes cultures gère le personnel de direction. Il en prononce la mise à la retraite sauf mesure disciplinaire. Le directeur général de l'Agence unique de paiement est consulté sur les décisions relatives aux personnels affectés dans son établissement.

Les fonctionnaires nommés aux emplois mentionnés à l'article 2 ci-dessus sont classés à un échelon comportant un indice égal ou, à défaut, immédiatement supérieur à celui qu'ils détenaient précédemment. Toutefois, aucun classement ne peut être prononcé directement à l'échelon fonctionnel de l'emploi de sous-directeur.

Dans la limite de l'ancienneté requise pour bénéficier d'un avancement d'échelon dans leur nouvel emploi, les intéressés conservent l'ancienneté d'échelon précédemment acquise, lorsque l'augmentation de traitement résultant de leur nomination est inférieure à celle qui aurait résulté d'un avancement d'échelon dans leur situation précédente, ou, pour ceux qui avaient atteint l'échelon le plus élevé du précédent emploi, lorsque l'augmentation de traitement est inférieure à celle qui résulte de la promotion à cet échelon.

L'emploi de directeur général adjoint comporte deux échelons :
celui d'inspecteur général trois échelons et celui de sous-directeur quatre échelons et un échelon fonctionnel.

Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture, pris sur proposition du directeur général de l'Office national interprofessionnel des grandes cultures et du directeur général de l'Agence unique de paiement, désigne les deux sous-directeurs pouvant bénéficier de l'échelon fonctionnel.

L'avancement au 2e échelon de l'emploi de directeur général adjoint a lieu après 2 ans d'ancienneté au 1er échelon.

L'avancement d'échelon dans l'emploi d'inspecteur général a lieu après 2 ans d'ancienneté à l'échelon immédiatement inférieur.

L'ancienneté requise pour accéder à l'échelon supérieur dans l'emploi de sous-directeur est fixée à 1 an 6 mois dans chacun des deux premiers échelons et à 3 ans dans le 3e échelon. L'échelon fonctionnel est accessible après six ans de services effectifs en qualité de sous-directeur, dont deux ans au moins accomplis au 4e échelon.