L'établissement est administré par un conseil d'administration composé de trois membres :

- un membre de l'inspection générale des finances, ayant au moins le rang d'inspecteur général, désigné par le ministre chargé des finances sur proposition du chef dudit corps ;

- le directeur du Trésor ou son représentant ;

- le directeur du budget ou son représentant.

Le conseil d'administration est présidé par le membre de l'inspection générale des finances. Les fonctions de président et d'administrateur sont assurées à titre gratuit.