Le contrôleur d'Etat près l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie assiste de droit, sans prendre part au vote, à toutes les séances du comité. Il est destinataire des convocations, ordres du jour, procès-verbaux et tous autres documents adressés aux membres du comité. Les décisions du comité lui sont notifiées par écrit.
Le ministre chargé de l'environnement et le contrôleur d'Etat près l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie disposent d'un droit de veto sur les décisions du comité de gestion.
Les décisions du comité de gestion deviennent exécutoires de plein droit si le ministre chargé de l'environnement ou le contrôleur d'Etat près l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie n'ont pas opposé leur veto dans un délai de quinze jours à compter de la notification écrite des décisions du comité.
Le veto du contrôleur d'Etat près l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie cesse d'avoir effet s'il n'a pas été confirmé par le ministre chargé du budget dans le délai d'un mois à compter de sa notification au comité.