Le commissaire du Gouvernement auprès du groupement est désigné par le ministre chargé de la santé. Il assiste aux séances de toutes les instances de délibération et d'administration du groupement.
Il a accès à tous les documents relatifs au groupement, et a droit de visite dans les locaux appartenant au groupement ou mis à sa disposition.
Il peut en outre demander une nouvelle délibération dans un délai de quinze jours pour les décisions qui mettent en jeu l'existence ou le bon fonctionnement du groupement. Il en informe les autorités de tutelle dont relèvent les établissements publics participant au groupement.