Le président de la mission est assisté par un secrétaire général, un conseiller pour les affaires internationales, un conseiller pour les affaires militaires et un conseiller pour les relations avec le monde combattant. Le secrétaire général et les trois conseillers sont désignés respectivement par un arrêté du Premier ministre, du ministre chargé des affaires étrangères, du ministre chargé de la défense et du ministre chargé des anciens combattants, sur la proposition du président de la mission.

Le secrétaire général de la mission est nommé par décret du Président de la République.