Un commissaire du Gouvernement est désigné par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. Il assiste aux séances des comités nationaux, du conseil permanent et, éventuellement, à celles des commissions permanentes et des comités régionaux. Il peut se faire représenter par toute personne de son choix.
Si un comité national prend une délibération non conforme à la réglementation nationale ou communautaire ou à la politique agricole du Gouvernement, le commissaire du Gouvernement lui en fait l'observation et peut lui demander une nouvelle délibération. Sauf dans les cas où une procédure spécifique d'approbation est prévue par les textes, il peut s'opposer à cette nouvelle délibération et la soumettre à l'accord du ministre de l'agriculture.