Le conseil national, sa section permanente, sa commission scientifique permanente et ses commissions sont convoqués par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, qui fixe l'ordre du jour des sessions.
Tout membre du conseil national peut demander par écrit qu'une question soit inscrite à l'ordre du jour. La décision est prise soit par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, soit par le conseil national à la majorité absolue de ses membres.
Le ministre chargé de l'enseignement supérieur peut, de sa propre initiative ou sur la demande du conseil national, de sa section permanente, de sa commission scientifique permanente ou de ses commissions, inviter toute personne compétente, et notamment des fonctionnaires des ministères non représentés, à participer aux séances avec voix consultative, dans un maximum de six par séance.