Le commissaire du Gouvernement auprès du groupement d'intérêt public est désigné par le préfet de région sur proposition du directeur régional du travail, de l'emploi et de la formation professionnelle. Il peut se faire représenter. Il assiste aux séances de toutes les instances de délibération et d'administration du groupement.
Il a communication de tous les documents relatifs au groupement, droit de visite dans les locaux appartenant au groupement ou mis à sa disposition.
Il peut en outre provoquer une nouvelle délibération dans un délai de quinze jours.
Il informe les administrations dont relèvent les établissements participant au groupement.