Le préfet de département ou son représentant exerce la fonction de commissaire du Gouvernement auprès du groupement d'intérêt public. Toutefois, lorsque l'activité du groupement est d'intérêt national, le commissaire du Gouvernement est désigné par le ministre chargé de la solidarité, de la santé et de la protection sociale.

Il assiste aux séances de toutes les instances de délibération et d'administration du groupement.

Il a communication de tous les documents relatifs au groupement, droit de visite dans les locaux appartenant au groupement ou mis à sa disposition.

Il peut en outre provoquer une nouvelle délibération dans un délai de quinze jours.

Il informe les administrations dont relèvent les établissements participant au groupement.