Pour tout établissement dans lequel doivent être pratiquées des expériences sur les animaux, une demande d'agrément est adressée par le responsable de l'établissement au préfet du département du lieu d'implantation de l'établissement par lettre recommandée avec demande d'avis de réception.
Cette demande doit être accompagnée d'un dossier comportant :
a) la description sommaire des installations destinées à l'hébergement des animaux et à la pratique des expériences ;
b) l'indication sommaire des qualifications des personnes qui, en dehors des titulaires de l'autorisation prévue à la section I, seront appelées à participer aux expériences sur des animaux.
Un arrêté conjoint du ministre de l'agriculture et des ministres chargés de la recherche, de l'enseignement supérieur, de l'éducation nationale, de la santé, de l'industrie et de la protection de la nature fixe les normes auxquelles doivent être conformes les installations des établissements, le nombre minimum et la qualification des personnes mentionnées au b ci-dessus.

L'agrément peut être général ou spécial, selon la vocation de l'établissement, la nature de ses installations et la qualification de son personnel.
L'agrément est accordé pour une durée de cinq ans par arrêté préfectoral. Il est renouvelable sur demande écrite du responsable de l'établissement, adressée par lettre recommandée avec demande d'avis de réception. Le préfet peut restreindre l'étendue de l'agrément demandé ou l'assortir de toute condition jugée utile.
Toute modification des éléments pris en compte pour l'octroi de l'agrément initial de même que la cessation d'activité à quelque titre que ce soit doivent être notifiées au préfet. Le cas échéant, une extension de l'étendue de l'agrément peut être accordée par le préfet, après justification par le responsable de l'établissement.
L'agrément devient caduc si l'établissement cesse son activité ou si les conditions qui ont permis l'octroi de l'agrément ne sont plus respectées.

Lorsque l'un des agents mentionnés à l'article L. 214-19 du code rural constate un manquement à l'application des dispositions du présent décret et des textes pris pour son application, ainsi qu'aux dispositions législatives et réglementaires applicables à la santé et à la protection des animaux, susceptible de porter atteinte à la santé et à la protection des animaux, il rédige un rapport relatant les faits constatés et l'adresse au préfet du département. Celui-ci met en demeure l'intéressé de se conformer aux exigences qu'il lui prescrit dans un délai qu'il détermine et qui n'excède pas six mois, et l'invite à présenter ses observations avant l'expiration de ce délai.
Si, à cette date, le bénéficiaire de l'agrément n'a pas satisfait aux injonctions du préfet, ce dernier peut prononcer la suspension de l'agrément pour une durée qui ne peut excéder trois mois, ou le retrait de celui-ci. Il peut également en modifier l'étendue. En cas de manquement entraînant une grave souffrance pour les animaux, le préfet peut prononcer immédiatement la suspension de l'agrément pour une durée qui ne peut excéder un mois.

Le ministre de l'agriculture tient à jour la liste des établissements agréés. Il informe chaque année la commission instituée par l'article 27 du présent décret des agréments qui ont été accordés, modifiés ou retirés.