Pour chaque comité, le secrétariat est assuré par un représentant de l'autorité territoriale. Un représentant du personnel est désigné par le comité en son sein pour assurer les fonctions de secrétaire adjoint. Ces fonctions peuvent être remplies par un suppléant en cas d'absence du titulaire.

Pour l'exécution des tâches matérielles, le secrétaire du comité peut être aidé par un fonctionnaire qui assiste aux séances. Après chacune d'elles, un procès-verbal est établi. Il est signé par le président, contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis dans un délai de quinze jours à compter de la date de la séance aux membres du comité. Ce procès-verbal est approuvé lors de la séance suivante.