La direction de l'agence est confiée à un directeur nommé par décret pris sur le rapport du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget.

Le directeur assiste le président dans la préparation des délibérations, en assure l'exécution et en rend compte au conseil.

Le directeur assure le fonctionnement de l'agence ; il recrute et gère le personnel.

Le directeur représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile. Pour l'exécution des missions de l'agence, il est habilité à signer les décisions individuelles ainsi que les conventions prévues aux articles ci-dessus.

Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'agence.

Il peut déléguer sa signature à des agents de l'agence.