Le président du conseil de direction est nommé par décret sur proposition du ministre chargé de l'agriculture, dans les conditions prévues à l'article L. 621-5 du code rural. Son mandat prend fin en même temps que celui des membres du conseil de direction consulté pour sa nomination.
Lorsqu'un membre du conseil de direction est nommé président de ce conseil, il est considéré comme démissionnaire de son mandat de membre à compter de cette nomination.
En cas de vacance du poste de président ou d'empêchement de celui-ci, la présidence du conseil est assurée par l'un des représentants du ministre chargé de l'agriculture.