L'agent comptable de l'Office est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'agriculture après avis du conseil de direction.

En sa qualité de comptable public, il est seul chargé, sous sa responsabilité personnelle et pécuniaire, de la perception des recettes, du paiement des dépenses, du maniement des fonds et des valeurs, de la conservation des pièces justificatives et de la tenue de la comptabilité de l'Office.

Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément conjoint du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget.