Pour l'exécution du budget de l'Office, les décisions portant affectation de crédits pour les interventions à effectuer, ou fixant les règles de ces interventions sont préparées par le directeur de l'Office.

Le conseil de direction et les conseils spécialisés délibèrent sur les projets de décision. Les décisions sont arrêtées par le ministre chargé de l'agriculture. La décision est prise conjointement par le ministre chargé de l'agriculture, le ministre chargé de l'économie et des finances et le ministre chargé du budget si l'un des représentants de ces ministres au conseil de direction ou à l'un des conseils spécialisés le demande.

Lorsqu'un projet ayant fait l'objet d'un avis favorable d'un conseil n'a pas donné lieu à une décision dans un délai de quinze jours, il en est rendu compte à la plus prochaine séance de ce conseil.