Pour la préparation et l'exécution des mesures de défense lui incombant, le ministre chargé de la santé publique est assisté d'un haut fonctionnaire de défense. Un officier général ou supérieur du service de santé des armées, désigné sur décision conjointe du ministre de la défense et du ministre chargé de la santé publique est placé auprès de ce haut fonctionnaire, pour assurer la liaison et faciliter la coopération entre les services de santé civil et militaire.
Pour ces mêmes fonctions, le ministre chargé de la santé publique dispose non seulement de l'ensemble des services et organismes relevant de son autorité mais également de ceux placés sous son contrôle.
Dans chaque zone de défense, le préfet de zone dirige l'action des préfets de région et des préfets de département et assure la coordination des mesures prescrites par le ministre chargé de la santé publique ; il est conseillé sur le plan technique par le médecin inspecteur régional de la santé et le pharmacien inspecteur régional de la santé en fonctions au chef-lieu de la zone, et est assisté par le chef du service régional de l'action sanitaire et sociale également en fonctions au chef-lieu de la zone. Celui-ci se tient en liaison avec le service de santé des armées pour que soit facilitée la coopération entre les services de santé civil et militaire.
Dans chaque circonscription d'action régionale, le préfet oriente et coordonne l'organisation de la mise en oeuvre des plans sanitaires départementaux de défense selon les directives du ministre chargé de la santé publique ; il est conseillé et assisté dans des conditions analogues à celles exposées au paragraphe précédent.
Dans chaque département, le préfet est responsable de la préparation et de l'exécution des mesures prescrites par le ministre chargé de la santé publique ; il met en oeuvre le plan sanitaire départemental de défense ; il est conseillé sur le plan technique par le médecin inspecteur départemental de la santé et est assisté par le directeur départemental de l'action sanitaire et sociale.