L'élève susceptible d'avoir, en cours de scolarité, perdu par accident ou maladie l'aptitude physique requise est obligatoirement présenté devant la commission de réforme. Celle-ci détermine, le cas échéant, si l'élève peut bénéficier des congés de longue durée.

A l'issue de ces congés, ou sur-le-champ si l'élève ne peut bénéficier de congés, la commission constate éventuellement l'inaptitude de l'élève qui est alors réformé.

Toutefois, dans la mesure où son invalidité lui permet de se conformer au règlement intérieur de l'école, le ministre chargé de la défense nationale peut autoriser à achever ses études en la dispensant des activités militaires et sportives.

L'élève est soumis pour la sanction de ses études aux dispositions réglementaires relatives à la formation des élèves de l'Ecole polytechnique.