Le directeur de l'agence est nommé par arrêté du Premier ministre.
Il assure le fonctionnement de l'ensemble des services et la gestion du personnel.
Il assure la préparation des réunions du conseil d'administration, fait appliquer les décisions de celui-ci et le tient informé de leur exécution.
Il est responsable de la répartition du budget et des décisions modificatives.
Il représente l'agence en justice et dans tous les actes de la vie civile.
Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement et à ce titre il liquide notamment les redevances.
Il signe les contrats, accords ou conventions passés au nom de l'agence.