Les difficultés survenant à l'occasion de la conclusion, du renouvellement ou de l'application des conventions sont soumises à une commission de conciliation présidée par le préfet du département siège du centre hospitalier et universitaire et comprenant le directeur de l'unité d'enseignement et de recherche médicale ou le représentant du comité de coordination de l'enseignement médical, le président de la commission administrative ou du conseil d'administration du centre hospitalier régional ou son représentant, le représentant légal de l'hôpital ou de l'organisme partie à la convention.
En ce qui concerne les conventions entre les unités d'enseignement et de recherche médicales de l'académie de Paris et l'administration générale de l'assistance publique à Paris, le directeur général de cette administration siège au lieu et place du président du conseil d'administration.
Lorsque le représentant légal de l'hôpital ou organisme partie à la convention est le préfet, il est représenté, à ce titre, au sein de la commission par le directeur de l'hôpital ou organisme.
Lorsque la commission de conciliation se réunit pour régler des difficultés d'ordre financier, le trésorier-payeur général du département de la ville siège du centre hospitalier et universitaire intéressé est obligatoirement convoqué à la réunion de ladite commission afin d'y faire connaître son avis. Lorsque la convention intéresse une ou plusieurs unités d'enseignement et de recherche médicales de l'académie de Paris et l'administration générale de l'assistance publique de Paris, le receveur général des finances de Paris et le contrôleur financier près l'assistance publique de Paris sont convoqués afin de faire connaître leur avis. A défaut d'accord au sein de la commission de conciliation, les difficultés sont soumises au ministre de l'éducation nationale et au ministre de la santé publique et de la population, qui statuent par décision commune.