Outre les dépenses inéligibles prévues par la réglementation européenne, sont inéligibles les charges et les dépenses suivantes :

- les impôts ;
- les pénalités, notamment les amendes pour retard de paiement des impôts, les pénalités financières hors contrat ou les coûts liés à des procédures judiciaires ;
- les frais de justice et de contentieux, tels que définis par le code de procédure pénale, ne relevant pas de l'assistance technique au sens de l'article 36 du RPDC ;
- les dotations aux amortissements et aux provisions, à l'exception des dotations aux amortissements sur immobilisations incorporelles et corporelles relevant du compte n° 6811 du plan comptable général « Dotations aux amortissements sur immobilisations incorporelles et corporelles » ;
- les charges exceptionnelles relevant du compte n° 67 du plan comptable général ;
- les pertes générées par les opérations comptables qu'il s'agisse des provisions pour pertes, des créances douteuses ou de la provision pour dettes éventuelles ;
- les dividendes (hors dépenses de personnel des dirigeants non-salariés des PME) ;
- les frais liés aux accords amiables et les intérêts moratoires dans le cadre de contrats ayant pour objet l'exécution de travaux, la livraison de fournitures ou la prestation de services, avec une contrepartie économique constituée par un prix ou un droit d'exploitation ;
- l'achat de terrains non bâtis ;
- l'achat de terrains bâtis, lorsque le terrain est nécessaire à la mise en œuvre du projet, pour un montant supérieur à 10 % des dépenses totales éligibles du projet concerné. Pour les sites abandonnés ou ceux anciennement à usage industriel qui contiennent des bâtiments, cette limite est relevée à 15 % ;
- les contributions en nature ;
- la taxe sur la valeur ajoutée récupérable, à l'exception des cas prévus au point 1 alinéa c de l'article 64 du RPDC ;
- les assurances ;
- les frais d'ouverture et de tenue de comptes bancaires ;
- les frais de conseil, de notaire et d'expertise juridique, technique et financière ainsi que les honoraires de tenue et de certification de la comptabilité hors périmètre du projet du porteur de projet.