La gestion de l'aide exceptionnelle pour la numérisation est confiée à l'Agence de services et de paiement, avec laquelle le ministre chargé de l'économie conclut une convention à cet effet.
A ce titre, l'Agence de services et de paiement est chargée :

- de réceptionner et d'instruire les demandes d'aide ;
- de procéder à l'attribution des aides dans la limite des crédits disponibles ;
- de verser l'aide aux bénéficiaires ;
- le cas échéant, de recouvrer les sommes indûment perçues ;
- de traiter les réclamations et recours relevant de sa responsabilité.

L'Agence de services et de paiement peut demander aux entreprises toute information complémentaire nécessaire à l'instruction et au paiement de l'aide.