L'établissement est administré par un conseil d'administration composé de douze membres comprenant :

1. Six représentants de l'Etat :
   a) Le délégué interministériel à l'aménagement du territoire et à l'attractivité régionale ou son représentant ;
   b) Le directeur du budget ou son représentant ;
   c) Le directeur général du Trésor ou son représentant ;
   d) Le directeur général des infrastructures, des transports et de la mer ou son représentant ;
   e) Le directeur des infrastructures de transport ou son représentant ;
   f) Le commissaire général au développement durable ou son représentant.
2. Un député et un sénateur, trois élus locaux et une personnalité qualifiée.