L'établissement est administré par un conseil d'administration de vingt membres qui comprend :
1° Dix représentants de l'Etat :
a) Trois représentants désignés par arrêté du ministre chargé des transports ;
b) Deux représentants désignés par arrêté du ministre chargé de l'économie ;
c) Un représentant désigné par arrêté du ministre chargé du budget ;
d) Un représentant désigné par arrêté du ministre chargé de l'environnement ;
e) Deux représentants désignés par arrêté du ministre chargé de l'aménagement du territoire ;
f) Le préfet de la région Rhône-Alpes ou son représentant.
2° Sept représentants des collectivités territoriales :
a) Deux représentants désignés par le président du conseil régional de Rhône-Alpes au sein de ce conseil ;
b) Le président du conseil général du Rhône ou son représentant désigné par lui au sein du conseil général ;
c) Le président du conseil général de l'Isère ou son représentant désigné par lui au sein du conseil général ;
d) Le président du conseil général de la Savoie ou son représentant désigné par lui au sein du conseil général ;
e) Le président du conseil général de la Haute-Savoie ou son représentant désigné par lui au sein du conseil général ;
f) Le président du conseil général de l'Ain ou son représentant désigné par lui au sein du conseil général.
3° Trois personnalités qualifiées des secteurs du transport et de l'environnement :
a) Deux personnalités qualifiées du secteur du transport désignées conjointement par arrêté du ministre chargé de l'économie et des finances et du ministre chargé des transports ;
b) Une personnalité qualifiée du secteur de l'environnement désignée par arrêté du ministre chargé de l'environnement.