La commission paritaire spéciale prévue au premier alinéa de l'article L. 5343-21, comprend en nombre égal des représentants désignés par les organisations professionnelles d'employeurs représentatives et par les organisations syndicales de travailleurs représentatives pour le port considéré.
L'effectif de cette commission est ainsi fixé :
1° Quatre membres lorsque l'effectif maximum autorisé des ouvriers dockers professionnels n'excède pas 200 ;
2° Six membres lorsque le même effectif est compris entre 201 et 500 ;
3° Huit membres lorsque le même effectif excède 500.
Les membres sont désignés pour une durée de deux ans. Leur mandat est renouvelable.

Lors de chaque renouvellement, la commission élit un président et un vice-président qui sont rééligibles.
Si le président est un représentant des employeurs, le vice-président est un représentant des travailleurs et réciproquement.

La commission paritaire spéciale établit lors de sa première réunion un règlement intérieur qui précise les modalités de son fonctionnement, en particulier le nombre de ses réunions, ainsi que les conditions d'élaboration et de présentation des rapports et programmes annuels que les entreprises peuvent lui soumettre.
Dans les ports où l'effectif maximum autorisé des ouvriers dockers professionnels excède 300, la commission paritaire spéciale doit se réunir au moins deux fois par an.

La commission paritaire spéciale arrête chaque année le montant de ses dépenses de fonctionnement.
La couverture de ces dépenses est assurée par une contribution supportée par les employeurs et qui a pour assiette les salaires retenus pour le calcul des cotisations dues à la caisse de compensation des congés payés du port.
Le taux de cette contribution est fixé annuellement par la commission paritaire spéciale.

L'encaissement des contributions et le paiement des dépenses prévues à l'article R. 5343-30 sont assurés par l'organisme de rattachement prévu à l'article L. 5343-21.

Le règlement intérieur prévu à l'article R. 5343-29 et, le cas échéant, les modalités apportées aux statuts de l'organisme de rattachement sont approuvés par le ministre chargé du travail.

Le président du directoire, le directeur du port ou l'exécutif de la collectivité territoriale ou du groupement compétent désigne un représentant qui a en permanence accès aux réunions de la commission paritaire spéciale et qui reçoit communication de toutes les pièces destinées à la commission.
Peuvent en outre participer aux réunions de la commission, en tant que de besoin et avec voix consultative, des représentants des concessionnaires des outillages publics du port.