Le directoire établit et présente pour approbation au conseil de surveillance le budget relatif à l'exercice suivant. Il comporte deux sections distinctes, l'une pour les dépenses et les recettes d'exploitation, l'autre pour les opérations en capital.
Le budget est transmis aux ministres chargés des ports maritimes, de l'économie et du budget avant le 1er décembre de l'année précédant l'ouverture de l'exercice.