Le ministre chargé des transports peut, après avis du conseil d'administration, confier par arrêté à Port autonome de Paris la gestion de services dépendant de son département et dont il définit la consistance. Ces services constituent des services annexes de Port autonome de Paris.
Pour cette gestion, le directeur général relève directement de l'autorité du ministre chargé des transports et le personnel de Port autonome de Paris agit pour le compte de l'Etat.