Pour l'application des dispositions de l'article L. 3113-1, les décisions relevant de la compétence de l'Etat en matière de transfert du domaine public fluvial sont prises par le préfet coordonnateur de bassin, dans chaque bassin défini en application de l'article L. 212-1 du code de l'environnement.

Le préfet coordonnateur de bassin peut déléguer cette compétence, pour les sous-bassins ou fractions de sous-bassins, à un préfet de région ou de département.