L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la défense et du ministre chargé du budget.
(Art. 25 du décret n° 2007-800 du 11 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'établissement public administratif Service hydrographique et océanographique de la marine [SHOM].)