(Art. 23 du décret n° 2007-800 du 11 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'établissement public administratif Service hydrographique et océanographique de la marine [SHOM].)

L'établissement est soumis au régime financier et comptable fixé par les dispositions des décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général de la comptabilité publique, qui sont applicables aux établissements publics nationaux à caractère administratif.
Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.
(Art. 24 du décret n° 2007-800 du 11 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'établissement public administratif Service hydrographique et océanographique de la marine [SHOM].)

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la défense et du ministre chargé du budget.
(Art. 25 du décret n° 2007-800 du 11 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'établissement public administratif Service hydrographique et océanographique de la marine [SHOM].)

Le contrôle financier de l'établissement est exercé dans les conditions prévues par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.
(Art. 26 du décret n° 2007-800 du 11 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'établissement public administratif Service hydrographique et océanographique de la marine [SHOM].)

Les ressources du SHOM comprennent notamment :
1° Les subventions de l'Etat, de l'Union européenne, des collectivités publiques et tout organisme public ou privé, français, étranger ou international ;
2° Le produit de la vente des cartes, ouvrages et documents nautiques édités par le SHOM ;
3° Le produit des prestations et travaux divers exécutés à titre onéreux par l'établissement ;
4° Le produit financier des résultats du placement des fonds ;
5° Les produits d'emprunt ;
6° Les ressources provenant d'accords que l'établissement conclut avec des organismes publics ou privés, nationaux, étrangers ou internationaux ;
7° Le produit des cessions de biens meubles ;
8° Le remboursement des frais de scolarité et de stage ;
9° Le produit de l'exploitation directe ou indirecte des droits de propriété intellectuelle ;
10° Les dons et legs ;
11° Les revenus procurés par les participations financières et les produits de leur cession ;
12° Les rémunérations et les participations liées aux programmes de recherche ;
13° Les participations diverses.
L'établissement est autorisé à placer ses fonds disponibles dans les conditions fixées par le ministre chargé du budget.
(Art. 27 du décret n° 2007-800 du 11 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'établissement public administratif Service hydrographique et océanographique de la marine [SHOM].)

Les dépenses du SHOM comprennent :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais de fonctionnement ;
3° Les frais d'investissement et d'équipement.
(Art. 28 du décret n° 2007-800 du 11 mai 2007 portant création, organisation et fonctionnement de l'établissement public administratif Service hydrographique et océanographique de la marine [SHOM].)

Le SHOM peut prendre des participations financières et créer des filiales en vue notamment de valoriser les résultats de recherches et de participer à des initiatives nationales et internationales destinées en particulier à améliorer la coordination des actions dans le domaine de l'environnement marin.