Les postes comptables des établissements publics de santé relèvent des services déconcentrés du Trésor.
Pour les établissements importants ou groupes d'établissements désignés par arrêté des ministres chargés du budget et de la santé, il peut être créé un poste comptable spécialisé.
Les dépenses afférentes au fonctionnement des postes comptables hospitaliers sont à la charge du budget général de l'Etat.