La commission se réunit à l'initiative de ses co-présidents ou sur la demande du ministre chargé des collectivités territoriales et du ministre chargé de la fonction publique.

Les demandes d'avis présentées par le Gouvernement sont inscrites par priorité à l'ordre du jour.

La commission émet des avis ou des propositions à la majorité des suffrages exprimés.
Le vote par procuration est admis. Un membre présent ne peut disposer que d'une procuration.
Lorsqu'un membre titulaire est remplacé par un membre suppléant, celui-ci dispose du droit de vote du titulaire sans pouvoir donner ni recevoir procuration.
Les avis et les propositions adoptés par la commission sont transmis au Conseil supérieur de la fonction publique de l'Etat et au Conseil supérieur de la fonction publique territoriale. Le président de séance désigne un membre de la commission chargé de rapporter ses travaux auprès de ces conseils.

Les délibérations de la commission ne sont pas publiques.
Elles ne sont valables que si les deux tiers au moins des membres sont présents ou représentés lors de l'ouverture de la réunion.
Lorsque le quorum prévu à l'alinéa précédent n'est pas atteint, une nouvelle réunion de la commission se tient dans le délai de huit jours. Elle siège alors valablement si la moitié au moins de ses membres sont présents ou représentés.

Les membres de la commission et les rapporteurs sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle pour tous les faits et documents dont ils ont eu connaissance en leur qualité.

Un secrétariat est mis à la disposition de la commission par le directeur général de l'administration et de la fonction publique et le directeur général des collectivités locales.
Un procès-verbal est établi après chaque séance de la commission et soumis à approbation lors de la séance suivante. Il est également transmis, pour information, aux membres du Conseil supérieur de la fonction publique de l'Etat et du Conseil supérieur de la fonction publique territoriale.

Les fonctions de président et de membre de la commission sont gratuites.
Seuls des frais de déplacement et de séjour sont alloués, le cas échéant, dans les conditions prévues par le décret du 28 mai 1990 susvisé.

Le ministre de l'intérieur, de la sécurité intérieure et des libertés locales, le ministre de l'économie, des finances et de l'industrie, le ministre de la fonction publique et de la réforme de l'Etat, la ministre déléguée à l'intérieur et le ministre délégué au budget et à la réforme budgétaire, porte-parole du Gouvernement, sont chargés, chacun en ce qui le concerne, de l'exécution du présent décret, qui sera publié au Journal officiel de la République française.