Il est interdit :

1. D'introduire à l'intérieur de la réserve des animaux d'espèces non domestiques quel que soit leur état de développement, sauf autorisation délivrée par le préfet après avis du Conseil national de la protection de la nature ;
2. De porter atteinte de quelque manière que ce soit aux animaux d'espèces non domestiques ainsi qu'à leurs oeufs, couvées, portées ou nids, ou de les emporter hors de la réserve, sauf autorisation individuelle de prélèvement délivrée à des fins scientifiques par le décret, après consultation du comité consultatif et du conseil scientifique, sous réserve des activités prévues par le présent décret ;
3. De troubler ou de déranger les animaux par quelque moyen que ce soit, sauf autorisation délivrée à des fins scientifiques par le préfet après consultation du comité consultatif et du conseil scientifique, sous réserve des activités prévues par le présent décret.

Il est interdit :

1. D'introduire dans la réserve tous végétaux sous quelque forme que ce soit, sauf autorisation délivrée par le préfet après consultation du Conseil national de la protection de la nature ;
2. De porter atteinte de quelque manière que ce soit aux végétaux non cultivés ou de les emporter en dehors de la réserve, sauf à des fins de gestion de la réserve et d'entretien des ouvrages et infrastructures inclus dans son périmètre, et sauf autorisation individuelle de prélèvement à des fins scientifiques délivrée par le préfet, après consultation du comité consultatif et du conseil scientifique.
   Ces dispositions ne s'appliquent pas aux activités sylvicoles.

Le préfet peut prendre, après avis du comité consultatif et du conseil scientifique, toutes mesures en vue d'assurer la conservation d'espèces animales ou végétales ou la limitation d'animaux ou de végétaux surabondants dans la réserve.

Toute activité de chasse est interdite dans le périmètre de la réserve, à l'exception des opérations de régulation des cervidés et des sangliers. Un arrêté préfectoral, pris après avis du comité consultatif et du conseil scientifique, définit les modalités d'exécution de ces opérations de régulation.

L'exercice de la pêche à pied est interdit.
L'exercice de la pêche en bateau est interdit du 16 octobre au troisième vendredi d'avril.
Entre le troisième samedi d'avril et le 15 octobre, la pêche en bateau est réglementée par arrêté préfectoral pris après avis du comité consultatif et du conseil scientifique de la réserve.
Les bateaux ne sont pas autorisés à accoster, ni à pénétrer dans les zones interdites délimitées par arrêté préfectoral, ni à approcher à moins de 50 mètres des berges.
Les activités de pisciculture extensive dans les queues d'étangs sont réglementées par arrêté préfectoral pris après avis du comité consultatif et du conseil scientifique de la réserve. Elles doivent être compatibles notamment avec l'objectif de conservation de l'avifaune.

Sur l'ensemble des espaces boisés de la réserve, les actions sylvicoles sont orientées vers un objectif de protection du milieu naturel, de la faune et de la flore, au moyen d'actions de renaturation ou d'accompagnement, conformément aux objectifs du plan de gestion de la réserve.

Il est interdit :

1. D'abandonner, de déposer ou de jeter tout produit, quel qu'il soit, de nature à nuire à la qualité de l'air, de l'eau, du sol ou du site ou à l'intégrité de la faune et de la flore ;
2. D'abandonner, de déposer ou de jeter, en dehors des lieux spécialement prévus à cet effet, des détritus de quelque nature que ce soit ;
3. De troubler la tranquillité des lieux en utilisant tout instrument sonore sous réserve des activités prévues par le présent décret ;
4. De faire des inscriptions autres que celles qui sont nécessaires à l'information du public, aux délimitations foncières ou aux activités sylvicoles ;
5. D'utiliser du feu sauf pour l'élimination des rémanents d'exploitation forestière dans le cadre de la gestion de la réserve.

Sous réserve de l'application de l'article L. 332-9 du code de l'environnement, les travaux publics ou privés modifiant l'état ou l'aspect de la réserve sont interdits, à l'exception des travaux nécessaires à l'entretien de la réserve autorisés par le préfet après avis du comité consultatif.
Les travaux de maintenance, de remise en état des équipements et installations existantes, de sécurité, notamment ceux conduits par l'institution interdépartementale des barrages réservoirs du bassin de la Seine, sont également autorisés par le préfet après avoir fait l'objet d'une information préalable du gestionnaire de la réserve par le maître d'ouvrage et après avis du comité consultatif et scientifique, sauf en cas de force majeure.

Toute activité de recherche ou d'exploitation de carrière ou minière est interdite dans la réserve.

Il est interdit de collecter des minéraux et des fossiles, de prospecter et d'exécuter des fouilles archéologiques, d'utiliser des détecteurs de métaux, sauf autorisation à des fins scientifiques, délivrée par le préfet, après avis du comité consultatif et du conseil scientifique.

Toutes activités industrielles et commerciales sont interdites. A l'exception des activités commerciales liées à la gestion et à l'animation de la réserve naturelle qui peuvent être autorisées par le préfet après avis du comité consultatif et du conseil scientifique.

L'utilisation à des fins publicitaires de toute expression évoquant directement ou indirectement la réserve est soumise à l'autorisation du préfet après avis du comité consultatif.

La circulation des personnes dans la réserve est interdite, sauf dans le cadre des activités prévues dans le présent décret. Cette disposition ne s'applique pas aux personnes chargées de l'entretien et de la gestion de la réserve, aux propriétaires et à leurs ayants droit, aux agents des services publics dans l'exercice de leur fonction ainsi qu'aux mandataires desdites personnes.

Les activités sportives et touristiques sont interdites dans la réserve, à l'exception des seules activités d'entraînement d'aviron et de canoë-kayak de course en ligne pratiquées, sous l'égide de clubs sportifs agréés, dans les couloirs matérialisés existant dans l'anse de Charlieu au 1er janvier 2000, aux conditions suivantes :
- aucune activité n'est autorisée entre le 15 septembre et le 1er avril ;
- mise à l'eau exclusivement à partir de la cale du pont aux Anes ;
- à l'exclusion de la cale de mise à l'eau, les bateaux ne sont pas autorisés à accoster ni à approcher à moins de 50 mètres des berges et ne peuvent circuler en dehors des couloirs sauf pour les rejoindre et assurer la sécurité.

Il est interdit d'introduire dans la réserve des chiens, même tenus en laisse, à l'exception de ceux qui participent à des missions de police, de recherche ou de sauvetage, de recherche d'animaux blessés ou à la gestion de la réserve.

La circulation de tout véhicule terrestre ou nautique est interdite dans la réserve, à l'exception :

1. De ceux utilisés pour l'entretien et la surveillance de la réserve ainsi que de ceux nécessaires aux activités autorisées dans la réserve ;
2. De ceux des services publics ;
3. De ceux utilisés lors d'opérations de police, de secours ou de sauvetage ;
4. De ceux des propriétaires et de leurs ayants droit pour la desserte de leurs propriétés ;
5. De ceux dont l'usage est autorisé par le préfet après avis du comité consultatif et du conseil scientifique.

Il est interdit aux aéronefs motopropulsés de survoler la réserve à une hauteur du sol inférieure à 300 mètres.
Cette disposition n'est pas applicable aux aéronefs d'Etat en nécessité de service ou aux opérations de surveillance des ouvrages ou de relevé topographique de l'institution interdépartementale des barrages réservoirs du bassin de la Seine, aux opérations de police ou de sauvetage ou de gestion de la réserve naturelle ainsi qu'aux besoins éventuels liés à l'atterrissage ou au décollage des aéronefs.

Le campement et le bivouac sont interdits, sauf pour les équipes de gardiennage et les scientifiques autorisés par le préfet.