Le contrôle des établissements agréés, notamment en ce qui concerne le respect du cahier des charges, la pérennité des moyens dont il a été fait état lors de la demande d'agrément et le bon déroulement des formations est assuré par les fonctionnaires habilités par le préfet de région à ce effet.
En cas de déficience d'un établissement agréé, en termes de moyens ou de mise en oeuvre des formations considérées, en cas d'agissement répréhensible ou de cessation d'activité, l'agrément peut être suspendu ou retiré par le préfet de région, par une décision motivée et à l'issue d'une procédure contradictoire.